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Logiciel pour calculer CFU

Nombre Parcourir:0     auteur:Éditeur du site     publier Temps: 2022-12-16      origine:Propulsé

Les colonies peuvent être énumérées à partir de l'image de la plaque à l'aide d'outils logiciels. moins de 10 secondes pour prendre une photo au lieu des minutes qu'il faudrait pour calculer manuellement le UFCI, cette approche fait souvent gagner beaucoup de temps. De plus, il est plus objectif et permet l'extraction d'autres variables telles que la taille et la couleur des colonies.

1.OpenFU [est un programme libre et open source optimisé pour la convivialité, la vitesse et la robustesse.Il offre une large gamme de filtres et de contrôles et une interface utilisateur moderne.OpenCFU est écrite en C ++ et utilise OpenCV pour l'analyse d'image.

2.Nice est un programme écrit dans MATLAB qui fournit un moyen facile de compter les colonies dans une image.

3.Magej et CellProfiler: certaines macros et plugins ImageJ et certains pipelines CellProfiler peuvent être utilisés pour compter les colonies. GUI spécifique, qui peut rendre l'interaction avec les algorithmes de traitement fastidieux.En plus des logiciels informatiques traditionnels basés sur le bureau, des applications pour les appareils Android et iOS sont également disponibles pour le comptage de colonies semi-automatique et automatique. Camera intégrée pour prendre des photos de plaques d'agar et utiliser des algorithmes internes ou externes pour traiter les données de l'image et estimer les comptes de colonies. Cfu-

Système automatisé

De nombreux systèmes automatisés sont utilisés pour contrer les erreurs humaines, car de nombreuses techniques de recherche qui comptent les cellules individuelles par les humains sont susceptibles de faire des erreurs. Étant donné que les chercheurs comptent régulièrement les cellules manuellement à l'aide de la lumière transmise, cette technique sujette aux erreurs peut avoir un impact majeur sur les concentrations calculées dans les milieux principalement liquides lorsque les nombres cellulaires sont faibles. Certains fabricants de biotechnologies offrent également des systèmes entièrement automatisés. Ils sont généralement chers et Moins flexible que les logiciels autonomes car le matériel et les logiciels sont conçus pour fonctionner ensemble pour un paramètre spécifique.Les systèmes automatisés utilisent un paradigme de placage en spirale.Certains systèmes automatisés, tels que ceux de MATLAB, peuvent compter les cellules sans coloration. Les micro-organismes de la poussière ou des rayures sur des plaques de gélose sanguine, car la poussière et les rayures produisent des combinaisons très diverses de formes et d'apparitions

Unité alternative

Les nombres paramétriques les plus probables (MPN) et les unités Fishman modifiés (MFU) [citation nécessaire] peuvent être utilisées à la place des unités de formation de colonies. La méthode du nombre la plus probable compte des cellules viables et est utile lors du comptage de faibles concentrations de cellules ou de comptage des micro-organismes dans les produits où Les particules rendent les comptes de plaques peu pratiques. L'unité de pêche modifiée prend en compte les bactéries viables mais non cultivables.