Il n'est pas courant que les parents prennent de la mélatonine, mais ce n'est pas sage que les enfants le prennent. Les médecins ne recommandent pas non plus que les enfants prennent de la mélatonine. Bien que les chercheurs n'aient pas testé largement l'hormone chez les enfants, des expériences animales ont montré qu'il pourrait affecter le développement de la reproduction des adolescents. Bien que certaines études aient montré qu'il puisse aider les enfants à des troubles neurodéveloppementaux tels que l'autisme, pour la plupart des enfants, les risques inconnus l'emportent sur les avantages.